u-Gi-Oh! GX: The Beginning of Destiny é mais um jogo da famosa série japonesa de mangás e animes popular no mundo inteiro, Yu-Gi-Oh. The Beginning of Destiny retrata a série GX do anime e utiliza a mesma fórmula dos games antecedentes, baseados em duelos com cartas, focando-se também em um sistema de torneios de duelos em equipes.

No game, você encarna um estudante anônimo que acaba de ser transferido para a Duel Academy (Academia de Duelos). À procura do parceiro perfeito, você deverá encarar cara a cara os melhores duelistas da Academia, até adquirir confiança e amizade para formar um companheirismo ideal.