Ar Tonelico II traz uma fórmula muito similar a do seu antecessor, apresentando uma mecânica de jogo de RPGs clássicos juntamente com uma história com um forte apelo emocional.

Em Ar Tonelico II entra em cena a segunda torre de Ar Tonelico, que é cercada pela região de Meta Falss. Essa torre representa a deusa Freila do Trio de Elemia. A região das Reyvateils sucumbe agora diante de uma epidemia conhecida como “Infel Phyra Dependency”. Entre em cena Chroah, um cavaleiro sob o comando da igreja de Pastalia, que é mandado até o local para encontrar a fonte do problema e conter a epidemia.

O jogo gira em torno do envolvimento emocional entre o protagonista e as Reyvateils, uma espécie de andróide capaz de realizar poderosas magias através do seu canto. Quando maior for o envolvimento entre os personagens, maior será a sua “sincronia”, o que torna as magias ainda mais devastadoras.

Assim como no primeiro título, Ar Tonelico II traz uma espécie de mistura entre o desenvolvimento dos personagens e a aquisição de novas habilidadles. “Mergulhando” no subconsciente das Reyvanteils, o jogador ficará conhecendo mais a respeito de um personagem do time e, de quebra, ainda adquire novas magias.